Działalność oficerów WSI niejednokrotnie przybierała charakter przestępczości gospodarczej na wielką skalę, wskutek której Skarb Państwa tracił wielomilionowe sumy.

W związku z ustaleniami UKS, w lipcu 1999 r. Prokuratura Rejonowa w Warszawie przy współudziale Zarządu Ochrony Interesów Ekonomicznych UOP wszczęła śledztwo, w trakcie którego potwierdzono istnienie przestępczych mechanizmów na WAT przy udziale szeregu podmiotów gospodarczych, z uczelni tej nielegalnie wyprowadzono 381.962.568 zł. Jak ustalono, pieniądze te wypływały z budżetu WAT przez utworzone w roku 1996 Centrum Usługowo-Produkcyjne WAT, które miało zajmować się handlową i marketingową obsługą WAT.

Proceder polegał na podpisywaniu przez CUP WAT umów wieloletnich na dostawę towarów bądź świadczeń usług na rzecz WAT z różnymi spółkami. Znaczna część z nich miała bardzo bliskie powiązania z Fundacją „Pro Civili”. Mechanizm tych umów polegał na fikcyjnym ustanowieniu WAT jako odbiorcy towarów lub podmiotu zlecającego usługi, za które WAT był zobowiązany do zapłaty zleceniodawcom bądź wykonawcom znacznych środków finansowych. W procederze tym ważną rolę odgrywała Fundacja „Pro Civili”, ale też powiązane z nią spółki „Olbart”, „Kiumar”, „Glicor” „Sicura” i inne. Fundacja „Pro Civili” została założona 5 lipca 1994 r. z kapitałem założycielskim 300 tys. starych zł. Miała zajmować się ochroną pracowników i funkcjonariuszy służb państwowych i samorządowych oraz działaczy społecznych i związkowych a także niesieniem pomocy osobom, które poniosły szkodę bądź doznały uszczerbku na zdrowiu, broniąc bezpieczeństwa i porządku prawnego RP. 
Sama fundacja przypomina inną, esbecką inicjatywę z początku lat 90. To wówczas, u Jana Widackiego, wiceszefa MSW, pojawił się, powiązany z „Baraniną”, człowiek o nazwisku Zdzisław Herszmann – emigrant z Polski zamieszkały w Wielkiej Brytanii i Monte Carlo. Herszman miał znajomości w MSW, a jednocześnie współpracował z zarządem „Pruszkowa”, m.in. z Andrzejem Kolikowskim (Pershingiem) i Andrzejem Zielińskim (Słowikiem). Herszmannowi miał towarzyszyć Andrzej Kuna – późniejszy uczestnik wiedeńskich rozmów Kulczyk – Ałganow. Mężczyźni przekonywali Widackiego do pomysłu powołania prywatnej fundacji, która udzielałaby pomocy policjantom, poszkodowanym podczas pełnienia służby. Fundacja „Bezpieczna Służba” (anagram od SB) powstała przy MSW w lutym 1991, a na jej czele stanęły Bożena Tykwińska i Krystyna Barański – siostra i żona „Baraniny”.
Słusznie jest podejrzenie, że obie fundacje powstały w identycznym celu – jako „pralnie” środków pochodzących z przestępstw i źródła pozyskiwania „czystych” pieniędzy na potrzeby esbeckiej mafii.
O ile – niewiele wiemy o działalności „Bezpiecznej Służby”, o tyle – dzięki likwidacji WSI i sporządzeniu Raportu mogliśmy poznać niektóre obszary aktywności Fundacji „Pro Civili”.
Już pod koniec lat 80. pan Bronisław Komorowski, wówczas działacz opozycji demokratycznej miał kontakty z oficeramiWSW. Znamiennym przykładem jest historia z 1990 roku, gdy pan gen. Tadeusz Rusak został szefem UOP w Krakowie. Wydarzyło się to w sposób zdumiewający. Do pana Jana Rokity przyszedł Bronisław Komorowski i o to poprosił, a wręcz naciskał, mówiąc, że to jego przyjaciel i człowiek, za którego ręczy.Tadeusz Rusak zasłynął w stanie wojennym z tego, że miał bardzo radykalne pomysły na rozprawianie się z opozycją.
Był dobrym znajomym Komorowskiego w czasach PRL. W III RP odszedł ze służby, ale było trochę jak z „Psów” – czasy się zmieniały, a on był doradcą wielu wojskowych instytucji. Między innymi awansował za czasów Bronisława Komorowskiego – pozostając pułkownikiem, otrzymał uprawnienia, jakie mieli generałowie.
Komorowski na słowa WSI i Pro Civili reaguje jak diabeł na święconą wodę? Czyżby jego wiodącą i sterującą siłą była …AGENTURALNA PRO CIVILI?
Fundacja Pro Civili w raporcie Macierewicza to główny dowód na nielegalne działania WSI. Raport dowodzi, że fundacja, zarządzana przez oficerów WSI wspólnie z Wojskową Akademią Techniczną, podejmowała przestępcze przedsięwzięcia biznesowe i sprzeniewierzała olbrzymie pieniądze.
W autentycznym dokumencie, który był źródłem aneksu WSI, brzmi to o wiele dosadniej: „Wojskowe Służby Informacyjne, które odpowiedzialne były za kontrwywiadowczą osłonę technologii rozwijanych w ramach projektów badawczych na WAT, same przekazywały je w obce ręce /obcych państw/. Odpowiedzialność za to ponosi nie tylko ówczesny szef WSI, ale także były szef MON. Bronisław Komorowski w sposób szczególny traktował wszystkie kwestie związane z WAT i interesami uczelni. Działo się tak zwłaszcza w okresie, gdy kierownictwo w WSI sprawował gen. Tadeusz Rusak.
WAT straciła na dzi­ałal­ności Fun­dacji Pro Civili 400 mil­ionów zło­tych.
Nigdy nie zostało wyjaśnione jak to się stało, że wszys­tkie doku­menty doty­czące tego śledztwa zostały przekazane ofi­cerom WSI… dzi­ało się to za kadencji pana Rusaka, przy­ja­ciela pana Bro­nisława Komorowskiego… śledztwo zakończyło się niczym… zostało umor­zone… tu mówimy o mil­iar­dach, o mil­iar­dach które zniknęły, o osobach, które zginęły… nigdy nikomu w tej sprawie nie postaw­iono nawet jed­nego zarzutu… to wszys­tko nie mogłoby się zadziać, gdyby nie zdu­miewa­jące zachowanie Min­is­tra Obrony Nar­o­dowej Bro­nisława Komorowskiego.
W jakim kraju ja żyjemy? Kto w tym kraju rządzi? Co robią organy państwa by chronić społeczeństwo przed gra­bieżą i mor­dami? Gdzie jest sprawiedliwość?